Difference between revisions of "R libraries"

Latest revision as of 13:59, 30 June 2017

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+[[Category:Software]]
-a4Base                                       Automated Affymetrix Array Analysis Base Package
+{{#get_file_data:file=R_PACKAGES
-a4Classif                                    Automated Affymetrix Array Analysis Classification Package
+|data=name=Package,description=Title
-a4Core                                       Automated Affymetrix Array Analysis Core Package
+|format=CSV with header
-a4Preproc                                    Automated Affymetrix Array Analysis Preprocessing Package
+|cache seconds=3600
-a4Reporting                                  Automated Affymetrix Array Analysis Reporting Package
+}}
-abind                                        Combine multi-dimensional arrays
+{| class="wikitable"
-aCGH                                         Classes and functions for Array Comparative Genomic Hybridization data.
+! Name
-ade4                                         Analysis of Ecological Data : Exploratory and Euclidean methods in Environmental sciences
+! Description {{#for_external_table:<nowiki/>
-affxparser                                   Affymetrix File Parsing SDK
+{{!}}-
-affy                                         Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays
+{{!}} {{{name}}}
-affydata                                     Affymetrix Data for Demonstration Purpose
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-affyio                                       Tools for parsing Affymetrix data files
+|}
-affyPLM                                      Methods for fitting probe-level models
-affyQCReport                                 QC Report Generation for affyBatch objects
-Agi4x44PreProcess                            PreProcessing of Agilent 4x44 array data
-agricolae                                    Statistical Procedures for Agricultural Research
-akima                                        Interpolation of irregularly spaced data
-annaffy                                      Annotation tools for Affymetrix biological metadata
-annotate                                     Annotation for microarrays
-AnnotationDbi                                Annotation Database Interface
-AnnotationForge                              Code for Building Annotation Database Packages
-ape                                          Analyses of Phylogenetics and Evolution
-aplpack                                      Another Plot PACKage: stem.leaf, bagplot, faces, spin3R, plotsummary, plothulls, and some
-                                             slider functions
-aroma.affymetrix                             Analysis of large Affymetrix microarray data sets
-aroma.apd                                    A probe-level data file format used by aroma.affymetrix [DEPRECATED]
-aroma.core                                   Core methods and classes used by aroma.* packages part of The Aroma Framework
-aroma.light                                  Light-weight methods for normalization and visualization of microarray data using only
-                                             basic R data types
-arrayQualityMetrics                          Quality metrics on microarray data sets
-aster                                        Aster Models
-aws                                          Adaptive Weights Smoothing
-awsMethods                                   Class and Methods definitions for packages aws, adimpro, fmri, dwi
-BAMD                                         Bayesian Association Model for Genomic Data with Missing Covariates
-base                                         The R Base Package
-base64                                       Base 64 encoder/decoder
-base64enc                                    Tools for base64 encoding
-batchmeans                                   Consistent Batch Means Estimation of Monte Carlo Standard Errors
-BayesLogit                                   Logistic Regression
-baySeq                                       Empirical Bayesian analysis of patterns of differential expression in count data
-bdsmatrix                                    Routines for Block Diagonal Symmetric matrices
-beadarray                                    Quality assessment and low-level analysis for Illumina BeadArray data
-BeadDataPackR                                Compression of Illumina BeadArray data
-Benchmarking                                 Benchmark and frontier analysis using DEA and SFA
-binom                                        Binomial Confidence Intervals For Several Parameterizations
-Biobase                                      Biobase: Base functions for Bioconductor
-BiocGenerics                                 Generic functions for Bioconductor
-BiocInstaller                                Install/Update Bioconductor and CRAN Packages
-biom                                         An interface package (beta) for the BIOM file format.
-biomaRt                                      Interface to BioMart databases (e.g. Ensembl, COSMIC ,Wormbase and Gramene)
-biomod2                                      Ensemble platform for species distribution modeling
-Biostrings                                   String objects representing biological sequences, and matching algorithms
-biovizBase                                   Basic graphic utilities for visualization of genomic data.
-bit                                          A class for vectors of 1-bit booleans
-bitops                                       Bitwise Operations
-boot                                         Bootstrap Functions (originally by Angelo Canty for S)
-BSgenome                                     Infrastructure for Biostrings-based genome data packages
-Cairo                                        R graphics device using cairo graphics library for creating high-quality bitmap (PNG,
-                                             JPEG, TIFF), vector (PDF, SVG, PostScript) and display (X11 and Win32) output.
-CAMERA                                       Collection of annotation related methods for mass spectrometry data
-car                                          Companion to Applied Regression
-Category                                     Category Analysis
-caTools                                      Tools: moving window statistics, GIF, Base64, ROC AUC, etc.
-cghFLasso                                    Detecting hot spot on CGH array data with fused lasso regression.
-chron                                        Chronological objects which can handle dates and times
-Ckmeans.1d.dp                                Optimal distance-based clustering for one-dimensional data
-class                                        Functions for Classification
-cluster                                      Cluster Analysis Extended Rousseeuw et al.
-CNVtools                                     A package to test genetic association with CNV data
-coda                                         Output analysis and diagnostics for MCMC
-codetools                                    Code Analysis Tools for R
-colorspace                                   Color Space Manipulation
-combinat                                     combinatorics utilities
-compiler                                     The R Compiler Package
-CompQuadForm                                 Distribution function of quadratic forms in normal variables
-corpcor                                      Efficient Estimation of Covariance and (Partial) Correlation
-coxme                                        Mixed Effects Cox Models.
-crlmm                                        Genotype Calling (CRLMM) and Copy Number Analysis tool for Affymetrix SNP 5.0 and 6.0 and
-                                             Illumina arrays.
-cummeRbund                                   Analysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks high-throughput
-                                             sequencing data.
-datasets                                     The R Datasets Package
-DBI                                          R Database Interface
-deldir                                       Delaunay Triangulation and Dirichlet (Voronoi) Tessellation.
-DESeq                                        Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
-DESeq2                                       Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
-deSolve                                      General Solvers for Initial Value Problems of Ordinary Differential Equations (ODE),
-                                             Partial Differential Equations (PDE), Differential Algebraic Equations (DAE), and Delay
-                                             Differential Equations (DDE)
-DEXSeq                                       Inference of differential exon usage in RNA-Seq
-dichromat                                    Color Schemes for Dichromats
-digest                                       Create cryptographic hash digests of R objects
-dismo                                        Species distribution modeling
-DNAcopy                                      DNA copy number data analysis
-doMC                                         Foreach parallel adaptor for the multicore package
-doParallel                                   Foreach parallel adaptor for the parallel package
-doSNOW                                       Foreach parallel adaptor for the snow package
-dynamicTreeCut                               Methods for detection of clusters in hierarchical clustering dendrograms.
-DynDoc                                       Dynamic document tools
-e1071                                        Misc Functions of the Department of Statistics (e1071), TU Wien
-edgeR                                        Empirical analysis of digital gene expression data in R
-effects                                      Effect Displays for Linear, Generalized Linear, Multinomial-Logit, Proportional-Odds
-                                             Logit Models and Mixed-Effects Models
-ellipse                                      Functions for drawing ellipses and ellipse-like confidence regions
-expm                                         Matrix exponential
-FactoMineR                                   Multivariate Exploratory Data Analysis and Data Mining with R
-fastcluster                                  Fast hierarchical clustering routines for R and Python
-fastmatch                                    Fast match() function
-fda                                          Functional Data Analysis
-fdrtool                                      Estimation of (Local) False Discovery Rates and Higher Criticism
-ff                                           memory-efficient storage of large data on disk and fast access functions
-ffbase                                       Basic statistical functions for package ff
-flashClust                                   Implementation of optimal hierarchical clustering
-foreach                                      Foreach looping construct for R
-foreign                                      Read Data Stored by Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, Systat, Weka, dBase, ...
-Formula                                      Extended Model Formulas
-gage                                         Generally Applicable Gene-set Enrichment for Pathway Analysis
-gageData                                     Auxillary data for gage package
-gam                                          Generalized Additive Models
-gamm4                                        Generalized additive mixed models using mgcv and lme4
-gbm                                          Generalized Boosted Regression Models
-gcrma                                        Background Adjustment Using Sequence Information
-gdata                                        Various R programming tools for data manipulation
-gee                                          Generalized Estimation Equation solver
-geiger                                       Analysis of evolutionary diversification
-GeneCycle                                    Identification of Periodically Expressed Genes
-genefilter                                   genefilter: methods for filtering genes from microarray experiments
-GeneNet                                      Modeling and Inferring Gene Networks
-geneplotter                                  Graphics related functions for Bioconductor
-GenomicFeatures                              Tools for making and manipulating transcript centric annotations
-GenomicRanges                                Representation and manipulation of genomic intervals
-geoR                                         Analysis of geostatistical data
-geoRglm                                      geoRglm - a package for generalised linear spatial models
-getopt                                       C-like getopt behavior.
-ggplot2                                      An implementation of the Grammar of Graphics
-GLAD                                         Gain and Loss Analysis of DNA
-glmmADMB                                     Generalized Linear Mixed Models using AD Model Builder
-glmnet                                       Lasso and elastic-net regularized generalized linear models
-gmm                                          Generalized Method of Moments and Generalized Empirical Likelihood
-gmodels                                      Various R programming tools for model fitting
-GO.db                                        A set of annotation maps describing the entire Gene Ontology
-GOstats                                      Tools for manipulating GO and microarrays.
-gplots                                       Various R programming tools for plotting data
-GPseq                                        gpseq: Using the generalized Poisson distribution to model sequence read counts from high
-                                             throughput sequencing experiments
-graph                                        graph: A package to handle graph data structures
-graphics                                     The R Graphics Package
-grDevices                                    The R Graphics Devices and Support for Colours and Fonts
-gregmisc                                     Greg's Miscellaneous Functions
-grid                                         The Grid Graphics Package
-gridExtra                                    functions in Grid graphics
-grofit                                       The package was developed to fit fit many growth curves obtained under different
-                                             conditions.
-GSA                                          Gene set analysis
-gsalib                                       Utility functions for GATK
-GSEABase                                     Gene set enrichment data structures and methods
-gsl                                          wrapper for the Gnu Scientific Library
-gstat                                        spatial and spatio-temporal geostatistical modelling, prediction and simulation
-gsubfn                                       Utilities for strings and function arguments.
-gtable                                       Arrange grobs in tables.
-gtools                                       Various R programming tools
-Gviz                                         Plotting data and annotation information along genomic coordinates
-heatmap.plus                                 Heatmap with more sensible behavior.
-hexbin                                       Hexagonal Binning Routines
-hglm                                         Hierarchical Generalized Linear Models
-hgu133plus2.db                               Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array annotation data (chip hgu133plus2)
-hgu95av2.db                                  Affymetrix Human Genome U95 Set annotation data (chip hgu95av2)
-hierNet                                      A Lasso for Hierarchical Interactions
-HilbertVis                                   Hilbert curve visualization
-Hmisc                                        Harrell Miscellaneous
-HSAUR2                                       A Handbook of Statistical Analyses Using R (2nd Edition)
-httr                                         Tools for working with URLs and HTTP
-hwriter                                      HTML Writer - Outputs R objects in HTML format
-igraph                                       Network analysis and visualization
-illuminaio                                   Parsing Illumina microarray output files
-impute                                       impute: Imputation for microarray data
-INLA                                         Functions which allow to perform full Bayesian analysis of latent Gaussian models using
-                                             Integrated Nested Laplace Approximaxion
-inline                                       Inline C, C++, Fortran function calls from R
-intervals                                    Tools for working with points and intervals
-IRanges                                      Infrastructure for manipulating intervals on sequences
-iterators                                    Iterator construct for R
-itertools                                    Iterator Tools
-jpeg                                         Read and write JPEG images
-KEGG.db                                      A set of annotation maps for KEGG
-KEGGgraph                                    KEGGgraph: A graph approach to KEGG PATHWAY in R and Bioconductor
-KEGGREST                                     Client-side REST access to KEGG
-KernSmooth                                   Functions for kernel smoothing for Wand & Jones (1995)
-ks                                           Kernel smoothing
-labeling                                     Axis Labeling
-lars                                         Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise
-laser                                        Likelihood Analysis of Speciation/Extinction Rates from Phylogenies
-lattice                                      Lattice Graphics
-latticeExtra                                 Extra Graphical Utilities Based on Lattice
-leaps                                        regression subset selection
-LearnBayes                                   Functions for Learning Bayesian Inference
-limma                                        Linear Models for Microarray Data
-lme4                                         Linear mixed-effects models using Eigen and S4
-lmtest                                       Testing Linear Regression Models
-locfit                                       Local Regression, Likelihood and Density Estimation.
-longitudinal                                 Analysis of Multiple Time Course Data
-LPCM                                         Local principal curve methods
-lpridge                                      Local Polynomial (Ridge) Regression
-lpSolveAPI                                   R Interface for lp_solve version 5.5.2.0
-maanova                                      Tools for analyzing Micro Array experiments
-magic                                        create and investigate magic squares
-mapproj                                      Map Projections
-maps                                         Draw Geographical Maps
-maptools                                     Tools for reading and handling spatial objects
-marray                                       Exploratory analysis for two-color spotted microarray data
-MASS                                         Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASS
-Matrix                                       Sparse and Dense Matrix Classes and Methods
-matrixcalc                                   Collection of functions for matrix calculations
-matrixStats                                  Methods that apply to rows and columns of a matrix
-mboost                                       Model-Based Boosting
-mclust                                       Normal Mixture Modeling for Model-Based Clustering, Classification, and Density
-                                             Estimation
-MCMCpack                                     Markov chain Monte Carlo (MCMC) Package
-mda                                          Mixture and flexible discriminant analysis
-memoise                                      Memoise functions
-methods                                      Formal Methods and Classes
-mgcv                                         Mixed GAM Computation Vehicle with GCV/AIC/REML smoothness estimation
-minqa                                        Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation
-misc3d                                       Miscellaneous 3D Plots
-MLInterfaces                                 Uniform interfaces to R machine learning procedures for data in Bioconductor containers
-mmap                                         Map Pages of Memory
-mpm                                          Multivariate Projection Methods
-msdata                                       Various Mass Spectrometry raw data example files
-msm                                          Multi-state Markov and hidden Markov models in continuous time
-multcomp                                     Simultaneous Inference in General Parametric Models
-multicore                                    Parallel processing of R code on machines with multiple cores or CPUs
-multtest                                     Resampling-based multiple hypothesis testing
-munsell                                      Munsell colour system
-MVA                                          An Introduction to Applied Multivariate Analysis with R
-mvtnorm                                      Multivariate Normal and t Distributions
-mzR                                          parser for netCDF, mzXML, mzData and mzML files (mass spectrometry data)
-ncbit                                        retrieve and build NBCI taxonomic data
-ncdf                                         Interface to Unidata netCDF data files
-ngspatial                                    Classes for Spatial Data
-nlme                                         Linear and Nonlinear Mixed Effects Models
-nnet                                         Feed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
-oligoClasses                                 Classes for high-throughput arrays supported by oligo and crlmm
-opm                                          Tools for analysing OmniLog(R) Phenotype Microarray data
-org.Hs.eg.db                                 Genome wide annotation for Human
-ouch                                         Ornstein-Uhlenbeck models for phylogenetic comparative hypotheses
-pamr                                         Pam: prediction analysis for microarrays
-parallel                                     Support for Parallel computation in R
-pathview                                     a tool set for pathway based data integration and visualization
-permute                                      Functions for generating restricted permutations of data
-pheatmap                                     Pretty Heatmaps
-phyext                                       An extension of some of the classes in phylobase.  Tree objects now support subnodes on
-                                             branches
-phylobase                                    Base package for phylogenetic structures and comparative data
-phyloseq                                     Handling and analysis of high-throughput microbiome census data.
-picante                                      R tools for integrating phylogenies and ecology
-pixmap                                       Bitmap Images (``Pixel Maps'')
-pkgutils                                     pkgutils -- Utilities for creating R packages.
-plier                                        Implements the Affymetrix PLIER algorithm
-plotrix                                      Various plotting functions
-pls                                          Partial Least Squares and Principal Component regression
-plyr                                         Tools for splitting, applying and combining data
-png                                          Read and write PNG images
-polyclip                                     Polygon Clipping
-pomp                                         Statistical inference for partially observed Markov processes
-preprocessCore                               A collection of pre-processing functions
-prettyR                                      Pretty descriptive stats.
-pROC                                         display and analyze ROC curves
-proftools                                    Profile Output Processing Tools for R
-proj4                                        A simple interface to the PROJ.4 cartographic projections library
-proto                                        Prototype object-based programming
-PSCBS                                        Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
-pscl                                         Political Science Computational Laboratory, Stanford University
-ptw                                          Parametric Time Warping
-quantreg                                     Quantile Regression
-qvalue                                       Q-value estimation for false discovery rate control
-R2admb                                       ADMB to R interface functions
-R2jags                                       A Package for Running jags from R
-R2WinBUGS                                    Running WinBUGS and OpenBUGS from R / S-PLUS
-RandomFields                                 Simulation and Analysis of Random Fields
-randomForest                                 Breiman and Cutler's random forests for classification and regression
-RankProd                                     Rank Product method for identifying differentially expressed genes with application in
-                                             meta-analysis
-raster                                       raster: Geographic data analysis and modeling
-rasterVis                                    Visualization methods for the raster package
-RBGL                                         An interface to the BOOST graph library
-R.cache                                      Fast and light-weight caching (memoization) of objects and results to speed up
-                                             computations
-Rcmdr                                        R Commander
-RColorBrewer                                 ColorBrewer palettes
-Rcpp                                         Seamless R and C++ Integration
-RcppArmadillo                                Rcpp integration for Armadillo templated linear algebra library
-RcppEigen                                    Rcpp integration for the Eigen templated linear algebra library.
-RCurl                                        General network (HTTP/FTP/...) client interface for R
-rda                                          Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis
-R.devices                                    Unified handling of graphics devices
-relimp                                       Relative Contribution of Effects in a Regression Model
-reshape                                      Flexibly reshape data.
-reshape2                                     Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package.
-R.filesets                                   Easy handling of and access to files organized in structured directories
-rgdal                                        Bindings for the Geospatial Data Abstraction Library
-rgeos                                        Interface to Geometry Engine - Open Source (GEOS)
-rgl                                          3D visualization device system (OpenGL)
-Rgraphviz                                    Provides plotting capabilities for R graph objects
-R.huge                                       Methods for accessing huge amounts of data [DEPRECATED]
-rjags                                        Bayesian graphical models using MCMC
-rJava                                        Low-level R to Java interface
-rjson                                        JSON for R
-RJSONIO                                      Serialize R objects to JSON, JavaScript Object Notation
-RMark                                        R Code for MARK Analysis
-R.methodsS3                                  Utility function for defining S3 methods
-RMySQL                                       R interface to the MySQL database
-ROCR                                         Visualizing the performance of scoring classifiers.
-R.oo                                         R object-oriented programming with or without references
-rpart                                        Recursive Partitioning and Regression Trees
-R.rsp                                        Dynamic generation of scientific reports
-Rsamtools                                    Binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import
-RSQLite                                      SQLite interface for R
-RSQLite.extfuns                              Math and String Extension Functions for RSQLite
-Rsubread                                     Rsubread: high-performance read alignment, quantification and mutation discovery
-rtracklayer                                  R interface to genome browsers and their annotation tracks
-R.utils                                      Various programming utilities
-Rwave                                        Time-Frequency analysis of 1-D signals
-sandwich                                     Robust Covariance Matrix Estimators
-scales                                       Scale functions for graphics.
-scatterplot3d                                3D Scatter Plot
-sem                                          Structural Equation Models
-SemiPar                                      Semiparametic Regression
-seqMeta                                      An R package for meta-analyzing region-based tests of rare DNA variants
-setRNG                                       Set (Normal) Random Number Generator and Seed
-sfsmisc                                      Utilities from Seminar fuer Statistik ETH Zurich
-siggenes                                     Multiple testing using SAM and Efron's empirical Bayes approaches
-simpleaffy                                   Very simple high level analysis of Affymetrix data
-snow                                         Simple Network of Workstations
-snowfall                                     Easier cluster computing (based on snow).
-SNPchip                                      Visualizations for copy number alterations
-sp                                           classes and methods for spatial data
-spacetime                                    classes and methods for spatio-temporal data
-spam                                         SPArse Matrix
-SparseM                                      Sparse Linear Algebra
-spatial                                      Functions for Kriging and Point Pattern Analysis
-spatial.tools                                R functions for working with spatial data.
-spatstat                                     Spatial Point Pattern analysis, model-fitting, simulation, tests
-spBayes                                      Univariate and Multivariate Spatial-temporal Modeling
-spdep                                        Spatial dependence: weighting schemes, statistics and models
-splancs                                      Spatial and Space-Time Point Pattern Analysis
-splines                                      Regression Spline Functions and Classes
-sqldf                                        Perform SQL Selects on R Data Frames
-statmod                                      Statistical Modeling
-stats                                        The R Stats Package
-stats4                                       Statistical Functions using S4 Classes
-stringr                                      Make it easier to work with strings.
-strucchange                                  Testing, Monitoring, and Dating Structural Changes
-subplex                                      Subplex optimization algorithm
-survival                                     Survival Analysis
-SVGAnnotation                                Tools for post-processing SVG plots created in R
-tcltk                                        Tcl/Tk Interface
-tcltk2                                       Tcl/Tk Additions
-tensor                                       Tensor product of arrays
-TH.data                                      TH's Data Archive
-tilingArray                                  Transcript mapping with high-density oligonucleotide tiling arrays
-tmvtnorm                                     Truncated Multivariate Normal and Student t Distribution
-tools                                        Tools for Package Development
-truncnorm                                    Truncated normal distribution
-trust                                        Trust Region Optimization
-ucminf                                       General-purpose unconstrained non-linear optimization
-unmarked                                     Models for Data from Unmarked Animals
-utils                                        The R Utils Package
-varSelRF                                     Variable selection using random forests
-vcd                                          Visualizing Categorical Data
-vegan                                        Community Ecology Package
-VGAM                                         Vector Generalized Linear and Additive Models
-vsn                                          Variance stabilization and calibration for microarray data
-waveslim                                     Basic wavelet routines for one-, two- and three-dimensional signal processing
-wavethresh                                   Wavelets statistics and transforms.
-WGCNA                                        Weighted Correlation Network Analysis
-xcms                                         LC/MS and GC/MS Data Analysis
-XML                                          Tools for parsing and generating XML within R and S-Plus.
-xtable                                       Export tables to LaTeX or HTML
-xts                                          eXtensible Time Series
-XVector                                      Representation and manpulation of external sequences
-yaml                                         Methods to convert R data to YAML and back
-zlibbioc                                     An R packaged zlib-1.2.5
-zoo                                          S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series (Z's ordered observations)
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